一、办公室。负责机关日常运转工作，承担文电、信息、机要、保密、信访、档案、督查、外事、政务公开、机关后勤管理、建议提案办理等工作，负责组织重要会议和调研，负责重要文稿的起草，归口管理行业新闻宣传。
二、政策法规科。负责交通运输法制建设，组织机关行政复议、行政应诉等工作，承担有关规范性文件的合法性审核。负责综合交通运输体制改革，统筹协调交通运输综合行政执法工作。组织开展行业政策研究。指导行业精神文明和行业文化建设。
三、综合规划科。会同有关部门编制全市综合交通运输体系规划，监督实施公路、地方铁路、民航发展战略、政策和规划，统筹综合交通运输枢纽规划和管理。提出全市公路、地方铁路、民航运输行业固定资产投资规模和方向、市财政性资金安排意见，组织上报规划内和年度计划规模内的固定资产投资项目。承担有关环境保护、利用外资、行业统计和行业经济运行分析工作。负责京津冀协同发展交通一体化组织协调工作。监督实施推进区域交通协同发展政策措施。协调解决推进区域交通协同发展工作中的具体问题。
四、财务科。监督实施行业有关投融资政策。负责预决算编制、执行以及政府采购管理工作，承担所属事业单位债务、国有资产和财务管理等工作。组织实施收费项目及标准。负责公路、地方铁路、民航运输行业财政预算资金的绩效监督和管理工作。指导行业财务管理工作。
五、人事教育科。承担机关和所属单位的干部人事、机构编制、绩效管理、劳动工资和人才工作，指导行业教育培训和人才队伍建设工作。负责拟订行业科技、信息化、标准化政策、规划和有关规章制度并监督实施，组织协调有关重大科技项目研究，指导行业科技创新、成果转化和推广应用工作。承担有关标准、质量和计量工作。
六、安全监督科。监督实施全市公路、地方铁路安全生产政策、规章制度和应急预案。承担公路、地方铁路等行业的安全生产监督管理工作，组织协调有关安全和应急处置体系建设。组织协调或参与有关事故调查处理工作。指导行业社会治安综合治理。
七、审计科。负责机关和所属单位的审计工作。负责对所属单位领导班子主要负责人经济责任审计，对重点建设项目的跟踪审计。指导行业内部审计工作。
八、公路科。负责公路行业管理工作，监督实施公路建设、养护、运营相关政策、制度和标准。负责公路行业行政许可事项的实施和监督。负责公路建设市场、招投标、资质、信用、工程质量、工程造价监督管理等工作。指导公路行业安全生产。负责国防交通有关工作。
九、铁路民航科。负责地方铁路、民航行业管理工作，监督实施有关政策、制度和技术标准。负责全市民用机场的监督管理，承担相关沟通与衔接工作。承担市铁路沿线环境安全监管联席会议日常工作。指导地方铁路、民航行业安全生产。
十、综合运输科。承担全市综合运输体系的建设和组织协调工作，监督实施有关政策、制度和技术标准。负责道路运输行业行政许可事项的实施和监督。负责道路、地方铁路运输市场监督管理。指导道路、地方铁路、民航运输安全生产工作和城乡客运管理工作。负责水上交通管制和防止污染等工作，组织或参与事故调查处理。负责船舶检验工作的监督管理。指导地方海事和船员管理有关工作。
十一、信息与环境科。负责机关信息化相关工作，会同有关部门推进全市交通运输信息化建设。承担公路、地方铁路、民航运输统计工作，监测分析公路、地方铁路、民航运输运行情况，发布有关信息。指导公路、地方铁路行业环境保护和节能减排。
十二、交通战备办公室。贯彻执行上级有关国防交通战备工作的方针政策和法律法规，制定国防交通战备工作计划并组织实施。参与国防战备工程的设计审查和交、竣工验收工作。负责国防交通科学技术研究成果应用推广工作。负责交通战备的组织协调、运力征用工作，做好军事行动和其他紧急任务的交通保障工作。
机关党委。负责机关和所属单位的党群工作。负责机关纪委工作。负责制定交通系统工会各项规章制度、工作计划并组织实施。组织职工参与民主决策、民主管理和民主监督，关心职工的工作生活，反映职工的诉求，解决职工的困难，维护职工的合法权益。
离退休干部科。负责机关和所属单位的离退休干部工作。